|
|
Impact of membrane properties on clustering of transmembrane peptides
Sabó, Ján ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Vít, Ondřej (oponent)
Odpověď na chybně sbalené proteiny (dále jen UPR, z angl. "unfolded protein response") je komplexní buněčný mechanizmus vyvolaný v reakci na stres endoplasmatického retikula (dále jen ER), který může být způsoben různými faktory. Proteinové přenašeče signálu UPR, které jsou zakotveny do membrány ER pomocí jednoho α-helixu, mohou rozpoznat také stres ER indukovaný lipidy. Studie těchto přenašečů signálu UPR, zejména PERK a IRE1, poukazují na schopnost přenašečů rozlišovat změny ve vlastnostech membrány ER tvorbou agregátů a tím se aktivovat. Schopnost proteinu IRE1 rozeznat změnu v membránových vlastnostech včetně jeho následné aktivace byla zachována i v mutantu, kde nativní transmembránová doména byla zaměněna za polyLeu α-helix. Mechanizmus aktivace proteinu IRE1 během lipidy indukované UPR ale nebyl objasněn. Ke studiu chování proteinů v membránách jsme použili modelové lipidové membrány ve formě vezikul (liposomy), ve kterých lze jednoduše měnit membránové vlastnosti změnou lipidového složení. Jako zjednodušený model přenašeče signálu UPR v ER byl použit syntetický transmembránový peptid s polyLeu jádrem. Pro kvalitativní a semi- kvantitativní analýzu liposomů byla použita metoda dynamického rozptylu světla (DLS, z angl. "dynamic light scattering"). Tvorba agregátů syntetických peptidů v...
|
|
|
Charakterizace integrálních membránových peptidů pomocí hmotnostní spektrometrie
Sabó, Ján ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent)
Biologické membrány zabezpečují v živých organismech velkou škálu životně důležitých procesů. Složení lipidů i proteinů v biologických membránách je velmi komplexní. Pro chápání bazálních membránových mechanismů je proto nutné využívat zjednodušené modely in vitro. Transmembránové proteiny I. a II. druhu je možné nahradit krátkými, α-helix tvořícími, syntetickými peptidy. Hydrofobní charakter peptidů a jejich pozice v membránách dobře reprezentuje transmembránové domény proteinů v živých organismech. Mezi jedny z nejjednodušších a nejhojněji využívaných modelových membránových systémů patří liposomy. Metody pro jejich formaci jsou známé již dlouhou dobu, ale kvantifikace jednotlivých složek liposomů po jejich zformování není úplně snadná. Je však velmi žádaná, pro zachování maximální kontroly nad daným modelovým systémem. V této práci byla adaptována metoda pro delipidizaci transmembránových peptidů, které byly následně charakterizovány pomocí LC/MS. Relativní množství peptidu, jenž se nachází ve vezikulách po jejich formaci, bylo získáno zpracováním extrahovaných chromatogramů pro ionty peptidu. Zjistili jsme, že touto metodou je možné relativně přesně charakterizovat proteo-lipidové vezikuly s obsahem peptidů 5-10 mol%. Ztráty peptidu při inkorporaci nepřesahují 50 % a mohou být použity pro...
|
host ::
RSS.